require-final-newline

それこそdiffが好例になるじゃないですか。Gnu diffは、 入力ファイルに改行がないとメッセージを出すわけです けど、「ファイルが改行で終わらないときはメッセージを 出す」っていう機能のテストをテストするときには、 当然、改行で終わらないデータを用意しないといけ ません。だから、あの記事でテスト・データのことに ついて言及したわけです。

いや、改行で終わっていないテキストファイルが必要なのはわかります。ただ、改行で終了していないテキストファイルが必要な場面が滅多にない人間からすると、自動で改行を挿入するからって「プログラマが使うエディタじゃない」とまでいう感覚が分からないなぁと。
自分の感覚だとほとんどの場面では改行を自動挿入してくれたほうが嬉しい。だから mode-require-final-newline は t で、改行が必要ないデータが欲しいときは適当に代替エディタを使うか、そのときだけ M-: 押して

(setq require-final-newline nil)

とするとかかな。ていうか require-final-newline の Help を見れば 't, 'visit, 'visit-save 以外の non-nil 値で、ファイルが改行で終了していない場合はユーザにどうするか質問するって書いてあるんだから

(setq mode-require-final-newline 0)

とかでいいんじゃないかと。あと

(defun save-buffer-without-final-newline ()
  (interactive)
  (let ((require-final-newline nil))
    (call-interactively 'save-buffer)))  

な関数を作っておいて必要なときはこっちを呼ぶとか、hook を使って ある major-mode のときだけ require-final-newline を nil にする(もしくは t にする)のが Best Practice かも。
え、普通そこまでやらないって?